Rasa Estonian Native este originara din Rusia, din Novgorod, si se presupune ca a aparut in secolele XIV-XV. Acest cal si-a pastrat multe dintre caracteristicile native si nu a fost influentat in mod notabil de alte rase. Cu toate acestea, rasa Estonian Native a fost folosita in influentarea dezvoltarii multor alte rase de cai, printre care Vyatka, Obva (acum pe cale de disparitie), Hackney, Tori si Ardennes. O data cu dezvoltarea agriculturii si cu crestera cererii penru cai de munca, acesti cai nativi au fost incrucisati cu rase mai usoare de calarie si tras la caruta. O heeghelie a fost deschisa si folosita pentru a continua resproducerea pura, iar rezultatele au fost foarte bune in cazul acestor cai, acestia avand o putere si o rezistenta deosebite. Cererea pentru cai mai mari a facut ca acesti cai sa nu mai fie necesari pe teritoriul Estoniei. Numarul de cai din aceasta rasa a fost redus la circa 1000 de exemplare si se mai gasesc, in prezent, doar in insulele Muhu, Hiiumaa si Saaremaa. Rasa Estonian Native mai este cunoscuta si sub numele de Estonian Pony, Mestanaya estonskaya, Estonskaya loshad, Estonian Klepper.